研究方向：

变异或新型流感等病毒的监测预警、遗传演化、致病和传播机制及生物安全综合防治策略的研究。

研究内容：

(1)病毒的主动预警研究：探寻变异或新型流感等病毒，研究其基因演化和溯源、流行分布和感染宿主范围、致病和传播特征，结合自然环境和人文因素预警病毒暴发流行的风险； 

(2)病毒的致病和传播机制研究：建立感染模型，研究新型变异病毒的宿主特异性、致病和传播能力变化的分子基础； 

(3)生物安全综合防治策略研究：基于新型变异病毒的发现，更新或建立检测方法；基于感染模型的建立和致病机制的阐明，设计疫苗和药物靶点；基于病毒感染致病特性和现有防控手段，制定综合性的生物安全防治策略。 

学术影响：

毕玉海，中国科学院微生物研究所研究员，病毒传播预警与致病机制研究组组长，国家自然科学基金优秀青年科学基金获得者，2017年入选中国科学院青年创新促进会会员，2021年晋升为优秀会员。2019年代表中国大陆竞选亚太经合组织科学创新研究教育奖，获提名；荣获2020年中源协和生命医学创新突破奖，2019年山东省自然科学奖二等奖，2017年中华预防医学会科学技术奖一等奖。 近5年以第一或通讯作者（含并列）发表SCI论文34篇，累积影响因子639.5，他引总计819次，其中单篇最高他引272次；在检测方法、疫苗和药物等方面申请专利9项；主持国家自然科学基金（面上、专项、优秀青年科学基金、国际合作与交流项目）、中国科学院战略性先导科技专项、国家科技重大专项等10余项科研课题和子课题。

针对流感和新冠等新型病毒展开监测预警、遗传演化、致病和传播机制及生物安全综合防治策略研究。揭示了H5N6禽流感病毒（AIV）基因起源进化和传播机制；探索了H5N6 AIV感染患者的免疫应答规律及其与疾病发展的相关性；揭示了H7N9 AIV感染致病哺乳动物的分子机制；阐明了H7N9第5波疫情病例数激增的原因及公共卫生风险；鉴定了H7N9高致病性禽流感突变病毒（HP-H7N9）对人的感染，从病毒学层面解释了HP-H7N9感染患者病死率高于H7N9低致病性禽流感病毒（LP-H7N9）的原因；在蝙蝠中发现鉴定了多种冠状病毒，为2019新冠病毒的自然重组起源找到了新证据；研究了新冠患者不同样品的排毒模式，明确了上呼吸道和粪便排泄物的排毒规律，提出了粪便或肛拭子检测在新冠防控中的重要性；揭示了新冠患者的抗体应答规律，发现抗体应答水平与疾病严重程度呈正相关，但与病毒排毒时长无关；建立了利用新冠病毒基因组研究超级传播事件的方法，确定新冠流行早期就存在超级传播事件；阐明了新冠流行早期的全球传播动力学，明确欧洲等地区未控制的跨国人口流动促成了疫情的大流行。